Es muy facil, mira solo tienes que añadir esto en la carpeta:
eAthena\npc\warps\other\other.txt
Un ejemplo seria este, si quieres copia y pega solo introduce las cordenadas:
prontera.gat,x,y,0 warp warp4 0,0,prt_gld.gat,x,y
Asi de simple, apartir de ahora siempre es = introducelos copiando y pegando y solo cambia el nombre de la ciudad y las cordenadas, asi lo hago yo.
[NOTA] Nose si habran salido los asique entra en la direccion de arriba y copia uno que este echo
Espero que te haya servido =P